Hậu điện Phụng Sơn Tự là không gian linh thiêng và tĩnh lặng bậc nhất trong toàn bộ ngôi chùa, nơi lưu giữ chiều sâu tín ngưỡng và giá trị tâm linh của cộng đồng người Hoa gốc Phúc Kiến tại Biên Hòa. Tách biệt khỏi sự náo nhiệt bên ngoài, khu hậu điện mang vẻ trầm mặc, cổ kính với ánh sáng dịu nhẹ, hương khói lan tỏa và bầu không khí trang nghiêm, tạo cảm giác an yên và thành kính cho mỗi người khi bước vào.